Anja Nevely hat an der Universität Freiburg i. B. das Medizinstudium abgeschlossen und 1993 ihre ärztliche Tätigkeit als Assistenzärztin in der damaligen Klinik Königsfelden aufgenommen. Von 1999 bis 2007 war sie als Oberärztin in der Luzerner Psychiatrie, Klinik St.Urban, tätig und dort zuletzt für Patientinnen und Patienten im stationären Massnahmevollzug zuständig.
2000 erwarb sie den Facharzttitel Psychiatrie und Psychotherapie FMH. Von 2007 bis 2017 war sie als Leitende Oberärztin für die Psychiatrischen Dienste Aargau AG (PDAG) tätig, zunächst als ärztliche Leitung des Ambulatoriums Fricktal, bevor sie 2010 am Hauptsitz der PDAG auf dem Areal Königsfelden die Akut-Tagesklinik und Triagestelle eröffnete.
Ab 2014 übernahm sie die Leitung der Adoleszentenforensik der Klinik für Forensische Psychiatrie der PDAG und erwarb 2016 den Schwerpunkttitel Forensische Psychiatrie und Psychotherapie FMH. 2017 bis 2018 war sie als Oberärztin im Zentrum für stationäre forensische Psychiatrie der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich tätig bevor sie 2018 die Leitung der Gutachtenstelle der Klinik für Forensische Psychiatrie der PDAG übernahm.